Kelas Khusus Olahraga (KKO) SMA Muhammadiyah 7 Yogyakarta merupakan program pendidikan yang dirancang untuk mengembangkan potensi akademik dan prestasi olahraga peserta didik secara seimbang. Program ini mewadahi siswa berbakat di berbagai cabang olahraga, seperti sepak bola, voli, bulu tangkis, tenis meja, taekwondo, motocross, dan cabang olahraga lainnya. Melalui pembinaan oleh pelatih berlisensi, kerja sama dengan berbagai klub olahraga, serta dukungan sistem pembelajaran yang fleksibel, KKO memberikan kesempatan kepada siswa untuk meraih prestasi olahraga tanpa mengabaikan pendidikan akademik dan pembinaan karakter Islami. Program ini juga didukung fasilitas asrama dan lingkungan pendidikan Muhammadiyah yang mendukung pengembangan potensi siswa secara menyeluruh.