Berawal dari semangat memberikan ruang bagi siswa yang memiliki minat dan bakat olahraga, program KKO yang dimulai pada tahun 2022 kini terus berkembang dengan fokus utama pada cabang olahraga bola voli, didukung oleh sistem pembelajaran yang fleksibel bagi atlet yang mengikuti latihan maupun kompetisi. keberhasilan dalam mengelola KKO, mulai dari proses pendirian program, dukungan guru dan orang tua, hingga prestasi siswa yang berhasil meraih juara di tingkat Kabupaten Magelang. Selain unggul dalam pembinaan olahraga, SMA Muhammadiyah Borobudur juga mengembangkan program Smart Preneur yang memadukan pendidikan akademik, kewirausahaan, dan pengembangan keterampilan hidup. Dengan nilai-nilai disiplin, islami, sportif, kreatif, dan inovatif, sekolah ini berkomitmen mencetak generasi muda yang berprestasi, berkarakter, dan siap menghadapi masa depan.