Pesantren Al Munawwir Krapyak Yogyakarta merupakan salah satu pesantren tertua dan berpengaruh di Indonesia, khususnya dalam bidang pendidikan Al-Qur’an dan ilmu-ilmu keislaman. Didirikan oleh KH. Muhammad Munawwir dan kemudian dikembangkan oleh KH. Ali Maksum, pesantren ini telah melahirkan banyak hafiz Al-Qur’an serta ulama yang berkiprah di berbagai bidang. Sistem pendidikan di Krapyak dikenal dengan metode sorogan dan pengkajian kitab-kitab klasik yang menanamkan kedalaman ilmu, kedisiplinan, serta adab kepada para santri.
Di balik perbedaan latar organisasi, hubungan antara Pesantren Krapyak dan Muhammadiyah ternyata terjalin dengan erat. Sejumlah tokoh Muhammadiyah memiliki kedekatan historis maupun kekeluargaan dengan para kiai Krapyak. Selain itu, banyak warga dan tokoh Muhammadiyah yang pernah menimba ilmu di pesantren tersebut. Kedekatan ini menunjukkan bahwa semangat silaturahmi, persaudaraan, dan kerja sama dalam dakwah dan pendidikan Islam dapat terjalin dengan baik di tengah keberagaman tradisi dan organisasi keagamaan.